Bahwa Pengadilan Negeri Klungkung yang sekarang ini dikenal dengan nama Pengadilan Negeri Semarapura adalah merupakan penjelmaan dari Peradilan adat di jaman kerajaan Klungkung dahulu kala. Pada jaman kerajaan ini masalah-masalah atau sengketa-sengketa yang terjadi dalam masyarakat akan diselesaikan melalui peradilan kerajaan dimana dalam peradilan ini Raja bertindak sebagai pengadil dengan dibantu oleh pegawai kerajaan lainnya secara bersama-sama bersidang menyelesaikan sengketa tersebut dan menghasilkan suatu keputusan Raja yang mempunyai nilai dan legalitas sama dengan putusan pengadilan sekarang ini. Peradilan adat ini terus eksis sampai jaman penjajahan Belanda.

Pada jaman penjajahan Belanda, peradilan adat di Klungkung dikenal dengan nama Peradilan Swapraja atau juga disebut Raad Kerta atau Raad Van Kerta. Raad berarti rapat, Kerta berarti damai, jadi Raad Van Kerta mengandung arti sebuah rapat atau sidang dalam menyelesaikan suatu sengketa dan dapat menghasilkan suatu keputusan bersifat adil yang dapat memberikan kedamaian bagi masyarakat. Pada jaman Raad Van Kerta atau Peradilan Swapraja ini persidangannya dipimpin oleh seorang raja (sebagai Hakim) dibantu oleh pegawai kerajaan (sebagai Panitera) ketika itu bernama Kanca. Raja dalam memimpin persidangan diawasi oleh seorang pegawai Kerajaan Belanda yang berpangkat bernama Contraleer. Seorang contraleer kadang kala ikut sidang khusus untuk perkara-perkara yang berat dan menarik perhatian masyarakat, dan tempat persidangannya adalah di Balai Kambang sekarang dikenal dengan nama Kertagosa, yang sampai saat ini sarana persidangan berupa bangunan dan kursi sidangnya masih ada dan terpelihara dengan baik sebagai barang peninggalan kerajaan.

Kemudian setelah Pemerintah Belanda menyerahkan kedaulatannya kepada Pemerintah Negara Republik Indonesia kira-kira pada tahun 1950, maka dengan dihapusnya Pemerintahan Swapraja berdasarkan Undang-undang Nomor 1 Tahun 1951 Raad Van Kerta atau Peradilan Swaprajapun dirubah menjadi Pengadilan Negeri yang kala itu karena keterbatasan tenaga Hakim untuk Propinsi Bali baru dibentuk 2 (dua) Pengadilan Negeri yaitu Pengadilan Negeri Singaraja, mewilayahi Bali Utara terdiri dari Singaraja dan Negara, dan Pengadilan Negeri Denpasar mewilayahi Bali Selatan terdiri dari Badung, Tabanan, Gianyar, Bangli, Klungkung dan Karangasem. Oleh Karena itu Pengadilan Negeri Klungkung waktu itu bukan merupakan Peradilan yang berdiri sendiri seperti UPT sekarang, tetapi Pengadilan Negeri Klungkung tersebut sebenarnya adalah Pengadilan Negeri Denpasar dalam mengambil tugas di Kabupaten Klungkung sehingga disebut Pengadilan Negeri Denpasar di Klungkung.

Selanjutnya seiring dengan perkembangan masyarakat dan bertambahnya tenaga ahli hukum atau Hakim dan dalam upaya untuk memudahkan kinerja Pengadilan Negeri Denpasar di Klungkung maka diusahakan untuk menempatkan seorang Hakim tetap bertugas di Klungkung dan mulai saat itu seolah-olah sudah ada Pengadilan Negeri yang berdiri sendiri di Klungkung, memiliki wilayah hukum Bali Timur seperti Bangli, Klungkung dan Karangasem, yang pembentukannya disahkan oleh Ketua Pengadilan Tinggi Makasar sebelum terbentuknya Pengadilan Tinggi Denpasar. Ketika itu Pengadilan Negeri Klungkung belum memiliki gedung sendiri, sehingga dalam menjalankan tugasnya memberi pelayanan kepada masyarakat pencari keadilan, Pengadilan Negeri Klungkung mendapat pinjaman gedung dari Pemerintah Daerah Kabupaten Klungkung.

Kemudian setelah tahun 1970 terbentuklah Pengadilan untuk wilayah hukum Karangasem dan Bangli, sehingga sejak saat itu Pengadilan Negeri Klungkung benar-benar merupakan UPT yang berdiri sendiri, tidak berada dibawah Pengadilan lain dan tidak pula membawahi Pengadilan lain. Seiring dengan perubahan nama kota Klungkung menjadi Semarapura, maka Pengadilan Negeri Klungkung juga berubah nama menjadi Pengadilan Negeri Semarapura, berdasarkan Surat Keputusan Menteri Kehakiman Republik Indonesia No.M.01.PR.07.02 Tahun 1999.